Phylogenetic Tree dari Empat Isolat Edwardsiella Tarda di Indonesia

Siti Narwiyani, Kurniasih Kurniasih

Abstract


Penelitian ini bertujuan mengetahui adanya kemungkinan subspecies Edwardsiella tarda secara
molekuler. Edwardsiella tarda dapat diisolasi dari ikan Tilapia dan air yang tercemar dan
diidentifikasi secara PCR dengan amplifikasi gen hemolysin. Isolat E. tarda diperoleh dari ikan
nila (Yogyakarta), lele (Semarang dan Jambi), kura-kura impor (Brazilia), ikan mas
(Pontianak). Isolat atipikal E. tarda (ATCC) dari Singapura digunakan sebagai pembading 4
isolat E. tarda dari Indonesia. Semua isolat E. tarda diekstraksi, diamplifikasi rRNA pada SSU
16S dan disequencing. Hasil sekuensing allignment menggunakan program CLUSTAL W versi
1.8. Selanjutnya dianalisis dengan metode neighbour-joining dan metode maximum parsimony
untuk menghasilkan pohon phylogenetik (Saitou dan Nei, 1987). Phylogenetic tree menunjukkan
bahwa 3 isolat E. tarda dari ikan merupakan strain yang sama dibanding E. tarda dari kura-
kura Brazil dan isolat ATCC yang berasal dari manusia.

Full Text:

PDF


DOI: https://doi.org/10.24002/biota.v16i2.118

Refbacks

  • There are currently no refbacks.