Aplikasi Metode Sidikjari Protein (SDS-PAGE) untuk Identifikasi Isolat Bakteri Endogenik Indonesia (Bacillus thuringiensis Berliner) yang Patogenik terhadap Hama Kubis (Crocidolomia binotalis Zell)

Christina L. Salaki, Langkah Sembiring , Jesmandt Situmorang, Niken Satut Nur Handayani

Abstract


Isolat bakteri Bacillus thuringiensis endogenik Indonesia yang patogenik terhadap hama kubis
(Crocidolomia binotalis Zell.) dikarakterisasi dan diidentifikasi secara kimiawi dengan metode
sidikjari protein. Total protein selular terlarut 10 isolat terpilih (SLK2.3, SRNG4.2, TKO1,
TK9, YPPA1, UG1A,BLPPN8.2, YWKA1, BAU3.2, LPST1) dan 2 strain acuan (B. thuringiensis
serovar kurstaki ATCC 10792 dan B. thuringiensis serovar israelensis H14) diperoleh melalui
pemecahan sel dengan sonikasi. Ekstrak sel disentrifugasi dengan kecepatan 13000 rpm selama
5 menit untuk memperoleh supernatant. Protein dipisahkan dengan metode elektroforesis
(SDS-PAGE) untuk menghasilkan profil sidikjari protein yang didokumentasikan dalam
bentuk file elektronik. Selanjutnya, sidikjari protein dianalisis secara kualitatif maupun secara
kuantitatif menggunakan software MVSP (Multivariate Statistical Package) untuk menghasilkan
dendrogram. Hasil penelitian menunjukkan bahwa profil protein yang dihasilkan oleh tiap-tiap isolat dan strain acuan memberikan pola yang bermakna sehingga dapat digunakan untuk
mengkarakterisasi dan mengidentifikasi isolat secara tegas. Analisis terhadap dendrogram
menunjukkan bahwa strain acuan B. thuringiensis serovar kurstaki HD1 dapat dibedakan
secara tegas dan jelas dengan strain acuan B. thuringiensis serovar israelensis H14. Dengan
demikian, dapat disimpulkan bahwa aplikasi profil sidikjari protein merupakan instrumen
yang sangat ampuh untuk menyingkap keanekaragaman strain anggota B. thuringiensis yang
disolasi dari habitat alami. Isolat yang diteliti diidentifikasi sebagai strain baru anggota B.
thuringiensis serovar kurstaki karena menunjukkan kemiripan yang tinggi dengan strain acuan
B. thuringiensis serovar kurstaki ATCC 10792 meskipun ke-10 isolat ini juga menunjukkan
keanekaragaman genetik yang cukup tinggi.

Full Text:

PDF


DOI: http://dx.doi.org/10.24002/biota.v17i2.135

Refbacks

  • There are currently no refbacks.