Variasi Genetik Berdasarkan Penanda Molekular Random Amplified Polymorphic DNA Pada Jamur Shiitake (Lentinula edodes)
Abstract
Penelitian ini bertujuan mengetahui variasi genetik jamur Lentinula edodes asal Malang,
Cianjur, Lembang, dan Yogyakarta serta mendapatkan primer terseleksi untuk identifikasi L.
edodes secara molekular. Penelitian dilakukan di Laboratorium Genetika, Fakultas Biologi,
Universitas Gadjah Mada, Yogyakarta. Tahapan penelitian terdiri atas ekstraksi DNA dari
miselium empat isolat L. edodes dan satu sampel outgroup (Pleurotus ostreatus), amplifikasi
DNA dengan teknik PCR-RAPD menggunakan delapan jenis primer (OPA 1, OPA 2, OPA 3,
OPA 4, OPA 7, OPA 8, OPA 9 dan OPA 10), elektroforesis menggunakan gel agarosa dan
pengamatan pita DNA dengan UV transluminator. Data pita DNA dianalisis dengan software
NTSYSpc21 untuk menentukan tingkat similaritas, jarak genetik dan untuk mengkonstruksi
dendrogram berdasarkan metode UPGMA. Hasil penelitian menunjukkan bahwa semua
primer yang digunakan dapat mengamplifikasi DNA sampel dan satu diantaranya (OPA 4)
tidak dapat menunjukkan adanya polimorfisme pada keempat isolat. Ukuran fragmen DNA
teramplifikasi berkisar antara 129ï€1774 bp. Berdasarkan hasil penelitian dapat disimpulkan
bahwa antara isolat L. edodes asal Malang, Cianjur, Lembang dan Yogyakarta terdapat variasi
genetik dengan jarak genetik antara 78ï€86%. Polimorfisme tertinggi (83,33%) diperoleh
menggunakan primer OPA 2.
Cianjur, Lembang, dan Yogyakarta serta mendapatkan primer terseleksi untuk identifikasi L.
edodes secara molekular. Penelitian dilakukan di Laboratorium Genetika, Fakultas Biologi,
Universitas Gadjah Mada, Yogyakarta. Tahapan penelitian terdiri atas ekstraksi DNA dari
miselium empat isolat L. edodes dan satu sampel outgroup (Pleurotus ostreatus), amplifikasi
DNA dengan teknik PCR-RAPD menggunakan delapan jenis primer (OPA 1, OPA 2, OPA 3,
OPA 4, OPA 7, OPA 8, OPA 9 dan OPA 10), elektroforesis menggunakan gel agarosa dan
pengamatan pita DNA dengan UV transluminator. Data pita DNA dianalisis dengan software
NTSYSpc21 untuk menentukan tingkat similaritas, jarak genetik dan untuk mengkonstruksi
dendrogram berdasarkan metode UPGMA. Hasil penelitian menunjukkan bahwa semua
primer yang digunakan dapat mengamplifikasi DNA sampel dan satu diantaranya (OPA 4)
tidak dapat menunjukkan adanya polimorfisme pada keempat isolat. Ukuran fragmen DNA
teramplifikasi berkisar antara 129ï€1774 bp. Berdasarkan hasil penelitian dapat disimpulkan
bahwa antara isolat L. edodes asal Malang, Cianjur, Lembang dan Yogyakarta terdapat variasi
genetik dengan jarak genetik antara 78ï€86%. Polimorfisme tertinggi (83,33%) diperoleh
menggunakan primer OPA 2.
Full Text:
PDFDOI: https://doi.org/10.24002/biota.v16i2.97
Refbacks
- There are currently no refbacks.
