Optimasi Isolasi Genom untuk Analisis Keragaman Mikrob pada Fermentasi Singkong "Peyem" dengan Teknik Terminal Restriction Fragment Length Polymorphism (T-RFLP)

Abstract

"Peyem" merupakan salah satu pangan fermentasi Indonesia. Kualitas pangan fermentasi bergantung pada aktivitas mikrob yang terdapat selama proses fermentasi berlangsung. Salah satu teknik molekuler yang telah banyak digunakan untuk menganalisis komunitas mikrob pada suatu habitat adalah teknik Terminal–Restriction Fragment Lenght Polymorphism (T-RFLP). Metode isolasi genom dan jenis primer yang digunakan pada saat PCR penting pada teknik T- RFLP dalam mengkaji komunitas mikrob. Oleh sebab itu, penelitian ini bertujuan untuk membandingkan empat metode isolasi genom dan membandingkan penggunaan dua set primer dalam mengkaji komunitas bakteri dari "Peyem" dengan teknik T-RFLP. Genom komunitas bakteri diisolasi dengan menggunakan empat metode, yaitu: 1) QIAamp DNA Stool Mini Kit (G1), 2) QIAamp DNA Stool Mini Kit + lisozim (G2), 3) Genomic DNA Purification Kit (G3), dan 4) Genomic DNA Purification Kit + lisozim (G4). Untuk mengamplifikasi 16S rDNA digunakan dua set primer, yaitu: 1) primer 27F-FAM dan 1492R, 2) primer 63F-FAM dan 1387R. Hasil penelitian menunjukkan isolasi genom dengan metode G4 menghasilkan konsentrasi genom tertinggi (330,20 ng/µl) dibandingkan metode G1, G2, dan G3 (163,50 ng/µl; 183,25 ng/µl, dan 260,80 ng/µl). Primer 27F-FAM menghasilkan jumlah peak yang lebih tertinggi (264) dibandingkan dengan primer 63F-FAM (177). Jumlah peak TRF pada teknik TRFLP menggambarkan keragaman komunitas mikrob. Dengan demikian isolasi genom dengan Genomic DNA Purification Kit + lysozyme dan penggunaan pasangan primer 27F-FAM-1492R adalah yang terbaik untuk menganalisis komunitas bakteri dari "Peyem" dengan teknik T-RFLP.

Kata kunci: Genom, Primer, T-RFLP, Mikrob, "Peyem"