Perbandingan Metode Isolasi DNA sebagai Templat PCR untuk Identifikasi Jenis Kelamin Cerek Jawa (Charadriius javanicus) secara Molekuler Menggunakan Primer 2550F/2718R

Authors

DOI:

https://doi.org/10.24002/biota.v6i2.3444

Keywords:

Javan Plover, Molecular Sexing, 2550F/2718R, Extraction kit, Alkaline lysis, Direct PCR

Abstract

Dalam studi molekuler, ekstraksi dapat memakan waktu dan biaya saat diterapkan dalam penelitian skala besar, sehingga beberapa studi mengkaji tingkat keberhasilan amplifikasi menggunakan metode isolasi DNA alternatif (tanpa ekstraksi). Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui metode isolasi DNA paling efektif untuk molecular sexing Cerek Jawa. Penelitian ini menggunakan 5 sampel darah kertas saring, dan 8 sampel darah EDTA yang diisolasi dengan metode ekstraksi kit, alkalin lisis dan PCR langsung. Molecular sexing dilakukan dengan primer 2550F/2718R. Hasil penelitian menunjukan bahwa DNA pada sampel darah kertas saring dan EDTA, baik metode ektraksi kit, alkalin lisis dan PCR langsung, berhasil diamplifikasi dengan primer 2550F/2718R yang menghasilkan pita CHD1-Z dengan ukuran 621 bp dan pita CHD1-W dengan ukuran 459 bp. Penelitian ini menunjukan bahwa ekstraksi DNA dengan kit menghasilkan DNA template yang paling efektif untuk molecular sexing Cerek Jawa.

References

Alessandra, M. T., Sílvia, N. D. L., dan Cristiano, D. R. 2002. Molecular method of sexing waterbirds without DNA extraction. Waterbirds 25 (2) 245–248.

Birdlife International. 2018. Species factsheet: Charadrius javanicus. http://www.birdlife.org. 24 Oktober 2019.

Çakmak, E., Pekşen, C. A., dan Bilgin, C. C. 2017. Comparison of three different primer sets for sexing birds. Journal of Veterinary Diagnostic Investigation 29 (1): 59–63.

Dhanasekaran, S., Dhinakar, R. G., Vignesh, A. R., Selvan, S. T., Prakash, B., Perumal, P., Arivudainambi, S., dan Babu, T. 2016. Gender identificationin chicken (Gallus gallus) by PCR using whole blood and driedblood spot on filter paper as template: without prior DNA isolation. BioRxiv 46888: 1–15.

Ebeling, W., Hennrich, N., Klockow, M., Metz, H., Orth, H. D., dan Lang, H. 1974. Proteinase K from Tritirachium Album Limber. European Journal of Biochemistry 47 (1): 91–97.

Fridolfsson, A. dan Ellegren, H. 1999. A simple and universal method for molecular sexing of non-ratite birds. Journal of Avian Biology 30 (1): 116-121.

Howes, J., Bakewell, D., dan Rusila, N. 2003. Panduan Studi Burung Pantai. Wetlands International – Indonesia Programme, Bogor.

Insee, J., Kalmolnorratnath, S., Baicharoen, S., Chumpadang, S., Sawasu, W., dan Wajjwalku, W. 2014. PCR-based method for sex identification of Eastern Sarus Crane (Grus Antigone sharpie): Implications for reintroduction programs in Thailand. Zoological Science 31 (2): 95–100.

Iqbal, M., Taufiqurrahman, I., Yordan, K., dan Balen, B. 2013. The distribution, abundance and conservation status of the Javan Plover Charadrius javanicus. Wader Study Group Bulletin 120 (1): 75–79.

Jennings, W. B. 2017. Phylogenomic Data Acquisition: Principles and Practice. CRC Press, Boca Raton.

Khatib, H., Genislav, E., Crittenden, L. B., Bumstead, N., dan Soller, M. 1993. Chicken red blood cells as a substrate for direct polymerase chain reaction. Animal Genetics 27: 53–54.

Koetsier, G. dan Cantor, E. 2019. A practical guide to analyzing nucleic acid concentration and purity with microvolume spectrophotometers. https://www.neb.com/-/media/catalog/application-notes/mvs_analysis_of_na_concentration_and_purity.pdf?la=en&rev=be7c8e19f4d34e558527496ea51623dc. 24 November 2019.

Kurniawan, N. dan Arifianto, A. 2017. Ornitologi: Sejarah, Biologi dan Konservasi. Universitas Brawijaya Press, Malang.

Latif, A. dan Osman, G. 2017. Comparison of three genomic DNA extraction methods to obtain high DNA quality from maize. Plant Methods 13 (1): 1–9.

Lee, P. Y., Costumbrado, J., Hsu, C. Y., dan Kim, Y. 2012. Agarose gel electrophoresis for the separation of DNA fragments. Journal of Visualized Experiments 62 (1): 1–5.

Menteri Lingkungan Hidup dan Kehutanan Republik Indonesia. 2018. Peraturan Menteri Lingkungan Hidup dan Kehutanan Republik Indonesia Nomor P.92/MENLHK/SETJEN/KUM.1/8/2018 Perubahan Atas Peraturan Menteri Lingkungan Hidup dan Kehutanan Nomor P.20/MENLHK/SETJEN/KUM.1/6/2018 Tentang Jenis Tumbuhan dan Satwa Yang Dilindung.

Padmadi, B. 2009. Identifikasi sifat aroma tanaman padi menggunakan marka berbasis gen aromatik. Naskah Skripsi S-1. Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Institut Pertanian Bogor, Bogor.

Rapley, R. 2000. The Nucleic Acid Protocols Handbook. Humara Press, New Jersey.

Rossen, L., Nørskov, P., Holmstrøm, K., dan Rasmussen, O. 1992. Inhibition of PCR by components of food samples , microbial diagnostic assays and DNA-extraction solutions. International Journal of Food Microbiology 17 (1): 37–45.

Sah, S. K., Kaur, G., dan Kaur, A. 2014. Rapid and reliable method of high-quality RNA extraction from diverse plants. American Journal of Plant Sciences 5 (1): 3129–3139.

Sidstedt, M., Hedman, J., Romsos, E. L., Waitara, L., Wadsö, L., Steffen, C. R., Vallone, P. M., dan Rådström, P. 2018. Inhibition mechanisms of hemoglobin, immunoglobulin G, and whole blood in digital and real-time PCR. Analytical and Bioanalytical Chemistry 410: 2569–2583.

Stevens, A. J., Taylor, M. G., Pearce, F. G., dan Kennedy, M. 2017. Allelic dropout during polymerase chain reaction due to G-quadruplex structures and DNA methylation is widespread at imprinted human loci. G3 (Bethesda) 7 (3): 1019–1025.

Tan, S. C. dan Yiap, B. 2009. DNA, RNA, and protein extraction : the past and the present. Journal of Biomedicine and Biotechnology 1 (1): 1-10.

Toyobo Co. 2013. Instruction manual for KOD FX Neo 1103. https://www.toyoboglobal.com/seihin/xr/lifescience/ support/manual/KFX-101.pdf. 5 November 2019.

Downloads

Published

10-06-2021

How to Cite

Pratomo, Y. W., Zahida, F., & Yuda, P. (2021). Perbandingan Metode Isolasi DNA sebagai Templat PCR untuk Identifikasi Jenis Kelamin Cerek Jawa (Charadriius javanicus) secara Molekuler Menggunakan Primer 2550F/2718R. Biota : Jurnal Ilmiah Ilmu-Ilmu Hayati, 6(2), 78–86. https://doi.org/10.24002/biota.v6i2.3444

Issue

Section

Articles