Klasifikasi Accipitriformes dan Falconiformes Berdasarkan Penanda DNA Parsial Cytochrome Oxidase 1 (CO1) secara In Silico

Authors

  • Renandy Kristianlie Ekajaya Program Studi Biologi, Departemen Pendidikan Biologi,Fakultas Pendidikan Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam,Universitas Pendidikan Indonesia
  • Chayra Endlessa Program Studi Biologi, Departemen Pendidikan Biologi,Fakultas Pendidikan Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam,Universitas Pendidikan Indonesia
  • Amalia Putri Salsabila Program Studi Biologi, Departemen Pendidikan Biologi,Fakultas Pendidikan Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam,Universitas Pendidikan Indonesia
  • Siti Ratu Rahayu Ningrum Program Studi Biologi, Departemen Pendidikan Biologi,Fakultas Pendidikan Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam,Universitas Pendidikan Indonesia
  • Topik Hidayat Program Studi Biologi, Departemen Pendidikan Biologi,Fakultas Pendidikan Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam,Universitas Pendidikan Indonesia

DOI:

https://doi.org/10.24002/biota.v8i3.6761

Keywords:

Accipitriformes, cytochrome oxidase subunit 1, Falconiformes, filogenetik, ordo

Abstract

Kategori burung pemangsa atau raptors dibagi ke dalam 3 ordo utama, yaitu Accipitriformes, Falconiformes, dan Strigiformes. Klasifikasi antara ordo Accipitriformes dan Falconiformes sering menjadi perdebatan karena spesies-spesiesnya memiliki kesamaan morfologi, namun berbeda saat memakan mangsa. Klasifikasi burung pemangsa yang telah ada memisahkan kedua ordo tersebut berdasarkan perilakunya saat menyergap dan membunuh mangsa. Maka, tujuan penelitian adalah untuk membuktikan pemisahan kedua ordo dengan pendekatan molekuler berupa data DNA. Penelitian ini menggunakan data sekunder sekuens penanda genetik DNA parsial cytochrome oxidase subunit 1 (COI) dari 15 spesies masing-masing ordo dan 1 spesies Strigiformes sebagai outgroup. Data diolah dengan menggunakan software Clustal-X dan PAUP. Hasilnya menunjukkan bahwa semua spesies memiliki tingkat homologi yang tinggi berdasarkan sekuens DNA-nya. Rekonstruksi pohon filogenetik mengklasifikasi kedua ordo ke dalam kelompok monofiletik yang membentuk dua cluster berbeda. Penelitian ini telah membuktikan bahwa Accipitriformes dan Falconiformes tidak hanya berbeda berdasarkan perilaku makann saja, melainkan namun juga berdasarkan genetik dari kedua ordo. Meskipun begitu, studi lebih lanjut perlu dilakukan untuk meningkatkan reliabilitas hubungan filogenetik kedua ordo dengan menambahkan jumlah sampel sekunder, jenis penanda genetik, dan data primer.  

References

Baum, D. (2008). Trait evolution on a phylogenetic tree: Relatedness, similarity, and the myth of evolutionary advancement. Nature Education 1(1): 191.

Branicki, W., Kupiec, T. & Pawlowski, R. (2003). Validation of cytochrome b sequence analysis as a method of species identification. Journal of forensic sciences 48(1): 83–87.

Brown, T. A. (2002). Genomes: 2nd Edition. Wiley-Liss. Oxford.

Carlin, J. L. (2011) Mutations Are the Raw Materials of Evolution. Nature Education Knowledge 3(10): 10.

Carracedo, A., Bär, W., Lincoln, P., Mayr, W., Morling, N., Olaisen, B., Schneider, P., Budowle, B., Brinkmann, B., Gill, P., Holland, M., Tully, G. & Wilson, M. (2000). DNA commission of the international society for forensic genetics: guidelines for mitochondrial DNA typing. Forensic science international 110(2): 79–85.

Cho, Y. S., Jun, J. H., Kim, J. A., Kim, H. M., Chung, O., Kang, S. G., Park, J. Y., Kim, H. J., Kim, S., Kim, H. J., Jang, J. H., Na, K. J., Kim, J., Park, S. G., Lee, H. Y., Manica, A., Mindell, D. P., Fuchs, J., Edwards, J. S., Weber, J. A., Witt, C. C., Yeo, J., Kim, S. & Bhak, J. (2019). Raptor genomes reveal evolutionary signatures of predatory and nocturnal lifestyles. Genome biology 20(1): 181.

Clements, J. F., Schulenberg, T. S., Iliff, M. J., Fredericks, T. A., Gerbracht, J. A., Lepage, D., Billerman, S. M., Sulliva, B. L. &Wood, C. L. (2019). The eBird/Clements checklist of birds of the world: v2019, Retrieved December 2013, 2022, from http://www.birds.cornell.edu/clementschecklist/download/

Colton, S. (2007). Introduction to Bioinformatics, Genetics Background, Course 3 41.Department of Computing Imperial College. London.

Conservation International. (2018). Annual Report. USA.

Csermely, D. (1998). Prey killing by Eurasian Kestrels: The role of the foot and the significance of bill and talons. Journal of Avian Biology 29(1): 10–16..

Csermely, D. & Gaibani, G. (1998). Is foot squeezing pressure by two raptor species sufficient to subdue their prey?.The Condor 100(4): 757–763.

Fuchs, J., Johnson, J. A. & Mindell, D. P. (2015). Rapid diversification of falcons (Aves: Falconidae) due to expansion of open habitats in the Late Miocene. Molecular phylogenetics and evolution 82(A): 166–182.

Hebert, P. D. N., Ratnasingham, S. & deWaard, J. R. (2003). Barcoding animal life: cytochrome c oxidase subunit 1 divergences among closely related species. Proceedings. Biological sciences 270(Suppl 1): 96–99.

Hebert, P. D. N., Cywinska, A., Ball, S. L. & deWaard, J. R. (2003). Biological identifications through DNA barcodes. Proceedings. Biological sciences 270(1512): 313–321.

Hebert, P. D. N., Stoeckle, M. Y., Zemlak, T. S. & Francis, C. M. (2004). Identification of Birds through DNA Barcodes. PLoS biology2(10): e312.

Hillis, D. M. (1987). Molecular versus morphological approaches to systematics. Annual Review of Ecology and Cystematics 18: 23-42.

Hung, C. M. & Zink, R. M. (2014). Distinguishing the effects of selection from demographichistory in the genetic variation of two sister passerines based on mitochondrial-nuclear comparison. Heredity 113(1): 42–51.

IUCN Red List of Threatened Species (2018). Version 2018‐1, Retrieved December 1, 2022, from http://www.iucnredlist.org/.

Kitching, I. J., Forey, P. L. & Williams, D. M. (2017). Cladistics: Reference Module in Life Sciences. Elsevier. Amsterdam.

Livezey, B. C. & Zusi, R. L. (2007). Higher-order phylogeny of modern birds (Theropoda, Aves: Neornithes) based on comparative anatomy. II. Analysis and discussion. Zoological journal of the Linnean Society 149(1): 1–95.

Lynch, M. & Jarrell, P. E. (1993). A Method for Calibrating Molecular Clocks and Its Application to Animal Mitochondrial DNA. Genetics 135(4): 1197-1208.

Maddison, D. R. (2012). Ramping up biodiversity discovery via online quantum contributions. Trends in Ecology and Evolution 27(2): 72–77.

McClure, C. J., Schulwitz, S. E., Anderson, D. L., Robinson, B. W., Mojica, E. K., Therrien, J. F. & Johnson, J. (2019). Commentary: defining raptors and birds of prey. Journal of Raptor Research 53(4): 419-430.

Pearson, W. R. (2013). An introduction to sequence similarity ("homology") searching. Current protocols in bioinformatics 3: 311-318.

Sustaita, D. (2008). Musculoskeletal Underpinnings to Differences in Killing Behavior Between North American Accipiters (Falconiformes: Accipitridae) and Falcons (Falconidae). Journal of Morphology 269(3): 283–301.

Verma, S.K. & Singh, L. (2003). Novel universal primers establish identity of an enormous number of animal species for forensic application. Molecular Ecology Notes 3(1): 28-31.

Yang, C. H., Wu, K. C., Chuang, L. Y. & Chang, H. W. (2019). Decision Theory-Based COI-SNP Tagging Approach for 126 Scombriformes Species Tagging. Frontiers in genetics 10: 259.

Zein, M. S. A. (2018). Barcoding DNA burung elang (famili Accipitridae) di Indonesia. Jurnal Ilmu-Ilmu Hayati 2(17): 165-173.

Zhan, X., Pan, S., Wang, J., Dixon, A., He, J., Muller, M. G., Ni, P., Hu, L., Liu, Y., Hou, H., Chen, Y., Xia, J., Luo, Q., Xu, P., Chen, Y., Liao, S., Cao, C., Gao, S., Wang, Z., Yue, Z.& Bruford, M. W. (2013). Peregrine and saker falcon genome sequences provide insights into evolution of a predatory lifestyle. Nature genetics 45(5): 563–566.

Downloads

Published

10-10-2023

How to Cite

Ekajaya, R. K. ., Endlessa, C., Salsabila, A. P. ., Ningrum, S. R. R. ., & Hidayat, T. (2023). Klasifikasi Accipitriformes dan Falconiformes Berdasarkan Penanda DNA Parsial Cytochrome Oxidase 1 (CO1) secara In Silico. Biota : Jurnal Ilmiah Ilmu-Ilmu Hayati, 8(3), 148–158. https://doi.org/10.24002/biota.v8i3.6761

Issue

Section

Articles