Identifikasi Spesies Ikan Ekonomis Penting yang Didaratkan di PPI Kedonganan dengan DNA Barcoding

Authors

  • Ni Putu Dian Pertiwi Jurusan Biologi dan Perikanan Kelautan, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Pendidikan Ganesha & Yayasan Biodiversitas Indonesia (Bionesia)
  • Ida Ayu Purnama Bestari Jurusan Biologi dan Perikanan Kelautan, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Pendidikan Ganesha
  • Andrianus Sembiring Yayasan Biodiversitas Indonesia (Bionesia)

DOI:

https://doi.org/10.24002/biota.v9i3.8212

Keywords:

Bali, control region, DNA barcoding, ikan ekonomis, keanekaragaman

Abstract

Identifikasi spesies sangat esensial bagi inventarisasi keanekaragaman spesies ikan ekonomis penting yang terdapat di perairan Indonesia. DNA barcoding merupakan salah satu metode molekuler yang digunakan untuk identifikasi spesies kriptik. Penelitian ini bertujuan untuk  mengidentifikasi spesies ikan ekonomis penting yang didaratkan di PPI Kedonganan menggunakan metode DNA barcoding dengan marka control region mitokondria (mtDNA). Sebanyak 6 (enam) sampel dikoleksi dengan metode purposive random sampling. Hasil identifikasi dengan DNA barcoding menunjukkan sampel yang dikoleksi sebagai spesies Trichiurus lepturus nanhaiensis; Lutjanus quinguelineatus; Scomberus japonicus; Cheilopogon doederleinii; Parupeneus barberinus; dan Leiognathus equula. Jarak genetik intraspesifik menunjukkan kisaran nilai  0.003 – 0.346. Hasil identifikasi DNA barcoding menunjukkan hasil yang berbeda dengan hasil identifikasi morfologi awal. Hal ini dapat disebabkan oleh terbatasnya data sekuen spesies di dalam basis data genetik. Oleh karena itu, penelitian ini diharapkan dapat menjadi tambahan informasi genetik pada keanekaragaman spesies ikan yang terdapat di wilayah Indonesia, yang tercatat pada basis data genetik secara umum.

References

Abdullah, A. & Rehbein, H. (2016). DNA barcoding for the species identification of commercially important fishery products in Indonesian markets. International Journal of Food Science and Technology. 52(1): 266-274.

Allen, G.R., Erdmann, M.V. & Pertiwi, N.P.D. (2022). Description of three new species of damselfish belonging to the Pomacentrus philippinus group (Pomacentridae) from Melanesia and the eastern and central Indian Ocean. Aqua, International Journal of Ichtiology 28(1):1-26.

Armani, A., Tinacci, L.,Xiong, X., Castigliego, L., Gianfaldoni, D. & Guidi, A. (2015). Fish species identification in canned pet food by BLAST and Forensically Informative Nucleotide Sequencing (FINS) analysis of short fragments of the mitochondial 16s ribosomal RNA gene (16S rRNA). Food Control 50: 821-830.

Fadli, N., Muchlisin, Z.A. & Siti-Azizah, M.N. (2021). DNA barcoding of commercially important groupers (Epinephelidae) in Aceh, Indonesia. Fisheries Research 234:105796.

Fadli, N., Nor, S.A.M.N., Othman, A.S., Sofyan, H. & Muchlisin, Z.A. (2020). DNA barcoding of commercially important reef fishes in Weh Island, Aceh, Indonesia. PeerJ 8:e9641.

Fitrian, T. & Madduppa, H. (2020). Penentuan jenis ikan layang (Decapterus spp.) dengan menggunakan metode analisis morfologi dan DNA barcoding. BAWAL: Widya Riset Perikanan Tangkap 12(3): 127-135.

Genisa, A.S. (1999). Pengenalan jenis – jenis ikan laut ekonomi penting di Indonesia. Oseania 24(1): 17-38.

Hellberg, R.S., Pollack, S.J. & Hanner, R.H. (2016). Chapter 6-Seafood Species Identification Using DNA Sequencing. In Seafood Authenticity and Traceability (pp.113-132). Academic Press.

Hubert, N., Kadarusman, Wibowo, A., Busson, F., Caruso, D., Sulandari, S., Nafiqoh, N., Pouyaud, L., Ruber, L., Avarre, J-C., Herder, F., Hanner, R., Keith, P. & Hadiaty, R. (2015). DNA barcoding Indonesian freshwater fishes: challenges and prospects. DNA Barcodes 3(1): 144-169.

Koski, L.B. & Golding, G.B. (2001). The closest BLAST hit is often not the nearest neighbor. Letter to the Editor: Journal of Molecular Evolution. 52: 540-542.

Kumar, S., Stecher, G., Li, M., Knyaz, C. & Tamura, K. (2018). Mega X: Molecular Evolutionary Genetic Analysis Across Computing Platform. Molecular Biology Evolution 35(6): 1547-1549.

Lasabuda, R. (2013). Pembangunan wilayah pesisir dan lautan dalam perspektif Negara Republik Indonesia. Jurnal Ilmiah Platax 1(2): 92-101.

Lee, W., Conroy, J., Howell, W.H. & Kocher, T.D. (1995). Structure and Evolution of Teleost Mitochondrial Control Regions. Journal of Molecular Evolution 41: 54-66.

McMillan, W.O. & Palumbi, S.R. (1997). Rapid rate of control-region evolution in Pacific butterflyfishes (Chaetodontidae). Journal of Molecular Evolution 45:473–484.

Mitchell, J.K. & Hellberg, R.S. (2016). Use of the mitochondrial control region as a potential DNA mini-barcoding target for the identification of canned tuna species. Food Analytical Methods 9: 2711-2710.

Narwiyani, S. & Kurniasih. (2011). Phylogenetic tree dari empat isolat Edwardsiella tarda di Indonesia. Jurnal Biota 16(2): 348-353.

Newell, P.D., Fricker, A.D., Roco, C.A., Chandrangsu, P. * Merkel, S.M. (2013). A small-group activity introducing the use and interpretation of BLAST. Jourbal of Microbiology & Biology Education. 14(2): 238-243.

Peristiwady, T. (2006). Ikan – ikan laut ekonomis penting. LIPI Press. Jakarta.

Pertiwi, N.P.D. (2022). Identifikasi spesies ikan pelagis yang dijual di pasar kota Denpasar menggunakan marka control region mitokondria (mtDNA). Jurnal Pendidikan Biologi Undiksha 9(1): 95-102.

Pertiwi, N.P.D., Mahardika, I.G.N.K. & Watiniasih, N.L. (2015). Optimasi ampifikasi DNA menggunakan metode PCR (polymerase chain reaction) pada ikan karang anggota famili Pseudochromidae (dottyback) untuk identifikasi spesies secara molekular. Jurnal Biologi 19(2): 1-5.

Putra, I.N.G., Faiqoh, E. & Wiratama, I.G.N.M. (2022). Status konservasi dan keanekaragaman jenis ikan yang diperdagangkan di pasar ikan tradisional di Bali. Jurnal Kelautan Tropis 25(2): 149-155.

Runtuboi, F., Bawole, R., Goram, A., Wawiyai, Y., Wambrauw, M., Numberi, Y.Z., Gandegoai, A., Lamahoda, P.B.E, Rumakabes, S., Luturmase, M., Suparlan & Andoi, D.K. (2018). Inventarisasi jenis ikan karang dan komposisi jenis ikan ekonomis penting (Study kasus kampung Karnasoren, Saribi dan Syaribo) Pulau Numfor Kabupaten Biak Numfor. Jurnal Pengelolaan Perikanan Tropis 2(1): 11-18.

Samdani, M., Resti, I.W. & Ekawati, R. (2021). Inventarisasi ikan ekonomis penting pada musim barat di PPI Kedonganan, Bali. Journal of Marine and Aquatic Science 7(1): 10-17.

Sembiring, A., Pertiwi, N.P.D., Mahardini, A., Wulandari, R., Kurniasih, E.M., Kuncoro, A.W., Cahyani, N.K.D., Anggoro, A.W., Ulfa, M., Madduppa, H., Carpenter, K.E., Barber, P.H. & Mahardika, G.N. (2015). DNA barcoding reveals targeted fisheries for endangered sharks in Indonesia. Fisheries Research 164: 130-134.

Shah, N., Altschul, S.F. & Pop, M. (2018). Outlier detection in BLAST hits. Algorithms for Molecular Biology. 13(7): 1-9.

Walsh, P.S., Metzger, D.A. & Higuchi, R. (1991). Chelex-100 as A Medium for Simple Extraction of DNA for PCR Based Typing from Forensic Material. Biotechniques 10: 506-513.

White, W.T., Last, P.R., Dharmadi, Faizah, R., Chodrijah, U., Prisantoso, B.I., Pogonoski, J.J., Puckridge, M. & Blaber, S.J.M. (2013). Market fishes of Indonesia. ACIAR Monograph No. 155. Australian Centre for International Agricultural Research. Canberra.

Wibowo, A., Wahlberg, N. & Vasemagi, A. (2016). DNA barcoding of fish larvae reveals uncharacterised biodiversity in tropical peat swamps of New Guinea, Indonesia. Marine and Freshwater Research 68 (6): 1079-1087.

Downloads

Published

28-10-2024

How to Cite

Pertiwi, N. P. D., Bestari, I. A. P., & Sembiring, A. (2024). Identifikasi Spesies Ikan Ekonomis Penting yang Didaratkan di PPI Kedonganan dengan DNA Barcoding. Biota : Jurnal Ilmiah Ilmu-Ilmu Hayati, 9(3), 319–329. https://doi.org/10.24002/biota.v9i3.8212

Issue

Vol 9, No 3 (2024): October 2024

Section

Articles

License

Copyright (c) 2024 Ni Putu Dian Pertiwi, Ida Ayu Purnama Bestari, Andrianus Sembiring

Creative Commons License

This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License.

Authors who publish with Biota : Jurnal Ilmiah Ilmu-Ilmu Hayati agree to the following terms:

  • Authors retain copyright and grant the Biota : Jurnal Ilmiah Ilmu-Ilmu Hayati right of first publication. Licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License that allows others to share the work with an acknowledgment of the work's authorship and initial publication in this journal.
  • Authors are able to enter into separate, additional contractual arrangements for the non-exclusive distribution of the journal's published version of the work (e.g., post it to an institutional repository or publish it in a book), with an acknowledgment of its initial publication in Biota : Jurnal Ilmiah Ilmu-Ilmu Hayati, and as long as Author is not used for commercial purposes.